医院创建于1942年，前身为甘肃省立兰州高级助产职业学校附属产院、甘肃省妇婴保健院、甘肃省妇产科医院，1978年正式更名为甘肃省妇幼保健院，建现址，总建筑面积43993m2，开设床位300张。2012年保健医疗综合楼一期工程建成使用，开放床位1000张，建筑面积为59783m2，2014年12月，二期工程门急诊保健楼竣工投入使用，建筑面积21375m2，2015年8月，甘肃省儿童医学中心业务楼开工建设，规划建筑面积35771m2，现已投入使用。2016年负责筹建甘肃省妇女儿童医疗综合体项目（甘肃省妇幼保健院西院、甘肃省儿童医学中心西院/国家儿童区域医疗中心、安宁新城医院），总建筑面积计划为38万m2，设置床位2300张。